Родился в 1957 году в Днепропетровске.
В 1973 окончил школу изобразительных искусств города Орел (Россия), в 1979 окончил Высшее инженерно-морское училище в городе Одесса. Оставил Флотскую карьеру по состоянию здоровья и за почти тридцать лет творческой деятельности осуще¬ствил более 100 выставок и художественных проектов в Российских и зарубежных Музеях, Выставочных центрах и галереях. Его проекты принимали и поддерживали: Государственная Третьяков¬ская галерея, Государственный Русский музей, музей Лувр (Франция), Новый национальный музей Монако, Национальный Музей Современного искусства им. Жоржа Помпиду (Франция), Музей науки и техники г. Париж (Франция), Национальный музей Сингапура, Художественные музеи Краснояр¬ска, Самары, Орла, Екатеринбурга, Художественный музей Пикарди (Франция), Центр Современного Искусства Луизы Мак-Бейн (Лондон), Музей современного искусства Великого Герцога, (Люксембург).
В качестве главного художника осуществил проект Российского павильона на Всемирной выставке Экспо-98 в Лиссабоне (Португалия).
По приглашению Министерства Культуры Франции осуществил проект в Соборе Сан-Луис Салпетри¬ер в Париже.
Совместно с Военно-морским и Научным Флотами России осуществил ряд художественных проектов в Мировом Океане, а также в Арктике, Гренландии и Антарктиде.
Член Московского Союза Художников с 1992 г, Член международного союза художников, Творческо¬го союза художников России.
Член-корреспондент Российской Академии художеств.
Дважды был стипендиатом Мэрии Парижа.
Стипендиат Фонда Александра Кальдера (Нью-Йорк-Париж).
Участник всех Московских биеннале Современного искусства.
В 2007 представлял Российскую федерацию на 52 Биеннале Современного Искусства в Венеции.
В 2009 году реализовал Специальный проект «Субтициано (Всплытие субмарины в Гранд Канале)» на 53 Биеннале Современного Искусства в Венеции.
Является автором идеи и комиссаром Первой Биеннале Современного Искусства в Антарктиде и первого Наднационального павильона Антарктиды в Венеции.
За что по версии журнала Foreign Policy удостоен звания глобальный мыслитель в 2014 году.
В 2017 году под патронажем ЮНЕСКО прошла первая в истории Антарктическая биеннале современного искусства. На научно-исследовательском судне «Академик Сергей Вавилов». Пономарев был руководителем уникальной экспедиции.
В 2008 правительством Франции удостоен звания «Офицера Ордена искусств и литературы» (Officierd’ordre des Arts et des Lettres). Живет и работает в Москве.